免费下载
网站简介

找论文变得更简单!

帮找论文

当前位置:

重点论文网    生物论文    生命科学论文    柿属植物TRAP(Target Region Amplification Polymorphism)标记的开发
创建时间:01-03

柿属植物TRAP(Target Region Amplification Polymorphism)标记的开发

目  录
摘  要    II
关键词    II
ABSTRACT    III
KEYWORDS    III
1.前言    1
2.材料和方法    2
2.1 试验材料    2
2.2 试验方法    2
2.2.1 模板DNA的提取及样品总DNA质量检测    2
2.2.2 引物的设计    4
2.2.3 TRAP-PCR体系的建立    6
2.2.4 琼脂糖凝胶电泳分离    6
3 结果与分析    7
3.1 样品中总 DNA质量检测    7
3.2 TRAP引物的筛选结果    7
4 讨论    9
4.1 TRAP标记的稳定性及可靠性    9
4.2 TRAP引物的筛选    9
4.3 TRAP引物标记在其他作物中的开发与应用    10
4.4柿TRAP引物标记开发的意义    10
4.5 TRAP标记的不足    10
参考文献    12
致谢    14


 
柿属植物TRAP(Target Region Amplification Polymorphism)标记的开发
摘  要
本实验利用柿属植物EST数据库信息以及Li 和Quiros关于锚定引物和随机引物的设计,分别设计查找到锚定引物10条,随机引物11条,共110对引物。利用这些引物对柿属植物6个基因型进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测,筛选引物。其中84对引物能扩增出清晰条带,占引物总量的76.36%。在柿属植物中开发TRAP标记,对于柿属植物重要性状的分子标记、种质资源多样性研究、标记辅助选择育种具有十分重要的意义。
关键词 柿属植物;PCR;TRAP


Development of TRAP (Target Region Amplification Polymorphism)Markers in Diospyros L. 
Abstract
The study has designed 11 fixed primers and 10 arbitrary primers that based on expressed sequence tag (EST) database information and the method of Li and Quiros (2011) , resp-ectively. We use these 110 pairs of TRAP primers to amplify 6 Persimmon genotypes,and select them by using silver  staining of denaturing polyacrylamide gel. 84 pairs of primers were amplified the bands, accounting for 76.36% of total primers. It's of great significant that develop TRAP makers in Persimmon for genotyping germplasm collections and in tagging genes governing desirable agronomic traits of crop plants.

Keywords
 Diospyros L. ; PCR ; TRAP
 
1.前言
TRAP分子标记技术是利用生物信息学工具和表达序列标签数据库信息,产生目标候选基因区域的多态性标记(杜晓华等,2014)。由于目前已获得许多物种基因组序列的丰富信息,包括人类、拟南芥,以及重要作物水稻和多种微生物的基因组序列草图绘制成功,有大量的EST序列可供使用,从而使得可以利用生物信息学工具和EST数据库产生许多目标基因序列的TRAP多态性标记,而且极易将性状与标记相关联(李莉等,2016)。TRAP技术以基因组DNA为模板,采用两个人工合成的长度为16~20bp的核苷酸的锚定引物与随机引物。锚定引物的设计步骤为:从功能基因或EST数据库中鉴别所需序列,再采用有关引物设计软件(如Primer5等)设定核苷酸序列合理长度(18bp)与最适、最大和最小Tm值(53、55、50℃),然后从软件自动生成的引物中,挑选比较合适的引物;随机引物设计主要是针对外显子或内含子的特点,设计为分别富含GC或AT核心区的任意序列(Li, Quiros, 2013)。利用设计好的引物,通过PCR方法对基因组DNA进行扩增,PCR产物利用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法进行检测,然后通过放射自显影或银染技术观察不同的带型(即多态性)(Alwala et al., 2016),通过扩增产物的多态性来反映基因组相应区域(DNA)的多态性,从而形成围绕侯选目标基因序列的多态性标记。
TRAP标记技术具有操作简单,重复性好,效率高的特点,目前已经在很多园艺植物中得到成功应用,在构建遗传图谱方面,Hu 等(2014)采用TRAP分子标记技术分别以菜豆的2个RI群体(BJ和DX)为材料,构建了菜豆遗传图谱。此外,Hu等(2014)还将TRAP分子标记技术应用到向日葵图谱的构建上。Liu 和Anderson (2015)把SSR和TRAP分子标记技术联合利用,构建了红春小麦重组体的遗传图谱。在遗传多样性分析方面,Hu 和 Mou (2016)利用TRAP分子标记技术,对38份菠菜的种质和10份商用的杂合体菠菜进行遗传多样性分析。在重要性状基因标记方面,Hu 和Vick (2013)用TRAP分子标记技术,根据公布的向日葵EST序列信息设计固定引物,通过扩增,已成功地获得了一个与葵盘腐烂病(Sclerotinia head rot)感病基因相关的分子标记。在标记辅助选择育种方面,Xu等(2013)在硬质栽培小麦一野生二粒体小麦的染色体代换系LDN基础上,利用TRAP分子标记技术开发出了642个染色体的特异性TRAP分子标记,这些特异的标记为检验将野生四倍体小麦抗性等优良性状向二倍体栽培小麦品种转化的结果,提供了良好的基础,从而为确定和保持LDN代换系提供了有效的方法和途径。
柿(Diospyros kaki Thunb.)是柿科(Ebenaceae)柿属(Diospyros L.)植物中作为果树栽培的代表种,作为果树,其栽培历史为2010余年。柿果可鲜食,也可加工成柿饼、柿干、柿糕等,还可替代粮食,与栗、枣齐名,素有“铁杆庄稼”、“木本粮食”的美誉。世界上的柿产区主要在暖温带。其中,尤以东北亚的中国、日本和朝鲜半岛栽培最多,东南亚的部分国家也有少量栽培,欧美国家以意大利栽培较多。近年来,巴西、以色列、美国、智利、新西兰、澳大利亚等国也开始发展柿树,尤其是甜柿生产。我国是柿属植物的分布中心和原产中心之一,中国甜柿是世界甜柿基因库中的宝贵资源,拥有丰富的种质资源。但长期以来,对我国柿属植物的种类和分布还缺乏清楚的了解,已有的文献记载与实际情况出入较大,对我国柿属植物的起源、演化和亲缘关系缺乏深入的探讨。目前关于柿遗传变异及其变异规律的分子生物学研究尚不够完善,对柿基因组信息所知较少,因而育种及种质资源的保存评价缺乏丰富的分子信息。随着EST计划的开展,数据库中已积累了大量的EST,为TRAP的开发提供了宝贵的资源,本实验室从NCBI公共数据库下载获得了9474条柿EST序列,经去冗余处理后得到无冗余EST 5087条,并进一步设计了110对TRAP引物。在此基础上,本研究进行了引物的筛选从而建立起TRAP标记,并对它们的多态性作了分析和评价,为其在柿属植物遗传育种及种质资源评价中的应用奠定基础。
 

最新论文

网站导航

热门论文